在日常的税务处理中，很多企业财务人员在进行增值税申报时，常常会遇到“发票勾选不抵扣”的情况。那么，在这种情况下，应该如何正确填写《增值税纳税申报表附列资料（二）》呢？本文将从实际操作出发，详细讲解这一问题的处理方法。

首先，我们需要明确“发票勾选不抵扣”是什么意思。通常情况下，企业在取得增值税专用发票后，可以选择是否用于进项税额抵扣。如果企业决定不抵扣该发票，就需要在增值税发票综合服务平台上进行“不抵扣勾选”，以避免误抵扣带来的税务风险。

当企业完成“不抵扣勾选”后，下一步就是如何在《附列资料（二）》中进行相应的填报。根据国家税务总局的相关规定，《附列资料（二）》是用于反映纳税人本期进项税额、转出额以及待抵扣税额等情况的重要报表。因此，即使发票被勾选为“不抵扣”，也需要在附表二中如实反映。

具体来说，对于“不抵扣”的发票，应将其金额和税额填入《附列资料（二）》的第2栏“本期认证相符的增值税专用发票”中，并在备注栏注明“不抵扣”。同时，还需要在第13栏“本期转出的进项税额”中，将这部分税额进行转出处理，以确保账务与税务数据的一致性。

需要注意的是，不同类型的发票可能有不同的处理方式。例如，对于农产品收购发票、运输费用发票等特殊类型的发票，其“不抵扣”处理方式可能会有所不同。因此，在实际操作中，建议企业财务人员结合自身业务类型和相关政策，仔细核对每一项数据，确保申报的准确性。

此外，随着电子税务局系统的不断完善，越来越多的企业开始通过线上平台进行发票勾选和申报操作。在这种情况下，企业应当熟悉系统操作流程，及时查看发票状态，避免因操作不当导致的税务问题。

总之，“发票勾选不抵扣”虽然看似简单，但在实际操作中仍需谨慎对待。只有准确理解相关政策，合理填写《附列资料（二）》，才能有效规避税务风险，确保企业合规经营。建议企业财务人员定期学习最新政策，提升专业能力，为企业的稳健发展提供有力保障。