在干部选拔和任用过程中，各级组织部门始终遵循公平、公正、公开的原则，确保每一位干部的成长路径符合法律法规及规章制度的要求。对于您提到的情况——即某干部在正科级岗位上以副科级职务任职两年后被提拔至正科级职位，这一过程是否合规，主要取决于所在地区或单位的具体干部选拔条例以及相关的政策文件。
通常情况下，干部选拔任用会综合考量以下几个方面：
1. 工作业绩：考察该干部在其岗位上的实际表现，包括完成工作任务的质量与效率、解决复杂问题的能力等。
2. 群众基础：了解同事对该干部的认可度和支持情况，确保其具备良好的领导能力和团队协作精神。
3. 发展潜力：评估该干部未来的发展前景，看其是否具有成长为更高层次领导干部的潜力。
4. 程序规范性：整个选拔过程必须严格按照规定的程序进行，包括民主推荐、考察公示等环节，保证透明度和公信力。
如果上述条件均满足，则可以认为该干部通过正当途径获得了晋升机会。当然，不同地区或部门可能会根据自身实际情况制定更加细化的标准。因此，具体案例还需结合当地的相关规定来判断。
总之，在任何情况下，干部选拔都应坚持德才兼备、以德为先的原则，注重培养一支高素质的专业化干部队伍，为实现经济社会持续健康发展提供坚强组织保障。如果您对某一特定案例存在疑问，建议查阅相关单位发布的正式公告或咨询上级主管部门获取权威信息。
